根據臨床表現的不同，丙型肝炎也可分為急性、慢性與重型三種不同的臨床類型，故其治療方法也有所不同。
（1）急性丙型肝炎：適當的休息、合理的營養和飲食及保肝藥的合理使用，是所有急性病毒性肝炎的共同療法。至於急性丙肝要不要及早使用抗病毒的干擾素治療，目前專家們仍持不同意見。有的主張應早期應用干擾素消除丙肝病毒，防止其轉為慢性肝炎；也有人認為丙肝也有自愈傾向，干擾素不僅價格昂貴，部分病人還會產生副作用，再說也未必能完全防止慢性化，故急性期不主張應用。但臨床上應靈活掌握，如果病人經一般治療後病情好轉不明顯，血清轉氨酶（ALT）或血清丙肝病毒去氧核糖核酸（HCV－DNA）持續或反復升高，在病家經濟條件許可的情況下，則可以考慮使用干擾素。
（2）慢性丙型肝炎的治療：具體措施有三：
（1）抗病毒治療：目前公認比較有效的抗病毒藥首推α-干擾素（IFN-α），劑量為300萬單位／次，每周3次，皮下或肌肉注射。以後可根據病人的具體情況及治療效果，增至500萬單位／次，每周3次，療程為3～6個月。據報道，約50％病人出現復發，但再次應用干擾素治療仍可獲效。因此有人主張加大劑量，延長療程至一年，或配合應用其他抗病毒藥，可提高療效，減少復發。用藥後如出現貫寒、發熱、類感冒反應及眩暈、
脫發，甚至末梢血白細胞及血小板減少等副作用，應立即停藥，多可自然恢復。此外，應用廣譜抗病毒藥——病毒喚（三氮喚核耷）治療丙肝，有明顯降低及恢復轉氨酶和丙肝病毒會氧核糖核酸（HCV－DNA）水平的效果。用量為每日口服l～1．2克，或0．4～0．6克／日，肌注或加入500毫升5％的葡萄糖液中靜脈點滴。療程為3～6個月。
（2）免疫調節劑治療：可以糾正慢性丙型肝炎出現的免疫功能障礙，促進丙肝病毒的清除和病體的恢復。也可配合應用其他抗病毒藥。
（3）改善肝功能治療：可參考有關慢性病毒性肝炎的治療條目。
（3）重型肝炎治療：丙肝病毒（HCV）若與其他類型的肝炎病毒、特別是乙肝病毒（HBV）混合感染，極容易引起重症肝炎。
