病原檢查：檢獲蟲卵是確診的主要依據。因蟲卵小，糞便直接塗片法易於漏檢，故多采用集卵法（如水洗離心沉澱法，乙醚沉澱法等）和十二指腸引流膽汁做離心沉澱檢查。該蟲卵與異形吸蟲卵相似，不易鑒別。
免疫診斷：皮內試驗、間接血凝試驗、對流免疫電泳試驗、酶聯免疫吸附試驗、間接熒光抗體試驗等都曾試用於華支睾吸蟲病的輔助診斷，但檢測病人結果出入較大，且與其它消化道寄生蟲感染（尤以吸蟲類感染）有較明顯的交叉反應，不能用作確診，現僅作為流行病學調查初篩之用。
近年來，有學者曾試用夾心酶聯免疫吸附試驗等法檢測循環抗原，其靈敏性及特異性優於循環抗體檢測法。
