阿米巴肝膿腫是阿米巴腸病最常見的並發症。阿米巴肝膿腫是由於溶組織阿米巴滋養體從腸道病變處經血流進入肝髒，使肝發生壞死而形成，實為阿米巴結腸炎的並發症，但也可無阿米巴結腸炎而單獨並發者。以長期發熱、右上腹或右下胸痛、全身消耗及肝髒腫大壓痛、血白細胞增多等為主要臨床表現，且易導致胸部並發症。現今治療阿米巴的主要手段是內科治療，但是外科的治療也在特定的情況下發揮著作用。
1、內科治療 （1）抗阿米巴治療選用組織內殺阿米巴藥為主，輔以腸內殺阿米巴藥以根治（見“阿米巴腸病”）。目前大多首選甲硝唑，治愈率90%以上。無並發症者服藥後72小時內肝痛、發熱等臨床情況明顯改善，體溫於6～9天內消退，肝腫大、壓痛、白細胞增多等在治療後2周左右恢復，膿腔吸收則遲至4個月左右。第二代硝基咪唑類藥物的抗蟲活力、藥代動力學特點與甲硝唑相同，但半衰期長得膿腫療效優於阿米巴腸病。東南亞地區采用短程（1～3天）治療，並可取代甲硝唑。少數單硝唑療效不佳者可換用氯喹或依米丁，但應注意前者有較高的復發率，後者有較多心血管和胃腸道反應。治療後期常規加用一療程腸內抗阿米巴藥，以根除復發之可能。
（2）肝穿刺引流早期選用有效藥物治療，不少肝膿腫已無穿刺的必要。對恰當的藥物治療5～7天、臨床情況無明顯改善，或肝局部隆起顯著、壓痛明顯，有穿破危險者采用穿刺引流。穿刺最好於抗阿米巴藥物治療2～4天後進行。穿刺部位多選右前腋線第8或第9肋間，或右中腋線上第九或十肋間或肝區隆起、壓痛最明顯處，最好在超聲波探查定位下進行。穿刺次數視病情需要而寂靜，每次穿刺應盡量將膿液抽淨，膿液量在200ml以上者常需在3～5天後重復抽吸。膿腔大者經抽吸可加速康復。近年出現的介入性治療，經導針引導作持續閉合引流，可免去反復穿刺、繼發性感染之缺點，有條件者采用。
（3）抗生素治療有混合感染時，視細菌種類選用適當的抗生素全身應用。
2、外科治療肝膿腫需手術引流者一般<5%。其適應證為：
（1）抗阿米巴藥物治療及穿刺引流失敗者；
（2）膿腫位置特殊，貼近肝門、大血管或位置過深（>8cm），穿刺易傷及鄰近器官者；
（3）膿腫穿破入腹腔或鄰近內髒而引流不暢者；
（4）膿腫中有繼發細菌感染，藥物治療不能控制者；
（5）多發性膿腫，使穿刺引流困難或失敗者；
（6）左葉肝膿腫易向心包穿破，穿刺易污染腹腔，也應考慮手術。
肝膿腫的治愈標准尚不一致，一般以症狀及體征消失為臨床治愈，肝膿腫的充盈缺損大多在6個月內完全吸收，而10%可持續至1年。少數病灶較大者可殘留肝囊腫。血沉也可作為參考指標。
