有人認為輸血後庚型肝炎的潛狀期平均為61天。已發現感染後病毒在體內可存在相當一段時間，已報道庚肝病毒核糖核酸（HGVRNA）可持續9年。急性庚型肝炎的血清丙氨酸氨基轉移酶（ALT）升高幅度不如乙型肝炎或丙型肝炎。一般臨床症狀較輕，出現顯性黃疸者，亦不如丙型肝炎多見，部分患者僅是無黃疸型加低水平轉氨酶升高，甚至毫無症狀。對症處理後ALT多數在1月內恢復正常。由急性庚型肝炎轉變成慢性庚型肝炎者較丙型肝炎少見，但病毒攜帶者並不少見。
庚型肝炎病毒感染後臨床上可能有8種轉歸。
（1）一過性的病毒血症：病毒很快被人體清除，稱為隱性感染。
（2）出現急性肝炎表現：單純庚型肝炎病毒感染的ALT增高程度及黃疸深度可能比急性丙型肝炎輕，但臨床上常與丙型肝炎，甚至乙型肝炎合並感染，多數患者很快康復。
（3）病毒持續存在：部分患者始終處於低滴度狀態，少部分血清裡含有中到高滴度的HGV，但均無臨床症狀，為無症狀病毒攜帶者。
（4）病情遷延：轉氨酶隨血中病毒滴度的波動而出現間隙性增高，少數反復發作成為慢性肝炎。
（5）可能引起暴發型肝炎：多以亞急性重型肝炎為多見。
（6）庚型肝炎慢性感染到發生肝硬變需較長時間：但一旦發生肝硬變，病情往往急轉直下，發展迅速。
（7）庚型肝炎是肝癌的相關因素：但大多數情況下，肝癌的發生可能是乙肝或丙肝病毒與庚肝病毒的協同作用。
