國內外公認的抗乙肝病毒治療的藥物主要有兩大類：干擾素和核苷類似物，這兩種藥物的研究成功給廣大慢性乙肝病人帶來了很大的益處，而在十幾年前根本有沒有可用的抗病毒藥物。但是這兩類藥在使用時要視不同的病人做出不同的選擇。
干擾素對於水平傳播、青年、女性、轉氨酶相對比較高、病毒量相對較低、病程較短的病人療效較好。一般使用一年，如果達到了臨床治療的終點（轉氨酶正常、e抗原消失或出現e抗體、DNA到了不可檢測水平，甚至出現表面抗原轉陰），可以停藥。但是少數病人停藥後會復發，有意思的是，使用干擾素後復發的病人還可以再用干擾素。近年新上市的聚乙二醇化干擾素（哌羅欣，佩羅能），由於半衰期長，有效血藥濃度穩定，進一步提高了抗病毒治療效果。但是，干擾素有一定的副作用，對肝功能失代償等病人就不適用。
核苷類似物是口服用藥，比肌注干擾素方便，使用范圍廣，肝硬化、甚至肝衰竭等重症病人都能使用，而且副作用比較小。過去使用較多的是拉米夫定，許多病人從中受益了，但近來發現出現耐藥的比例較高，而一旦耐藥，處理比較困難。近3年又有了3個新藥——阿德福韋、恩替卡韋、替比夫定上市，恩替卡韋、替比夫定抗病毒速度快，恩替卡韋及阿德福韋酯耐藥發生率低，換用恩替卡韋或者聯合使用阿德福韋可以部分解決拉米夫定耐藥的問題。但和干擾素相比，核苷類似物也有缺陷，比如，它們只能抑制病毒復制不能清除病毒，所以至今還不能確定治療療程。對於由慢性乙肝所引發的肝硬化病人，國際上主張終身用藥；其他乙肝病人的具體療程，有待今後進一步的臨床觀察。
