首先抗病毒是乙肝治療的關鍵。
肝活檢顯示中度至中度活動性炎症、壞死和(或)肝纖維化的患者，也應該立即開始抗病毒治療。
在抗病毒治療過程中應堅持長期、規范，不遵從醫囑、擅自停藥或換藥很可能會造成病情惡化，最終造成療效不佳，加重疾病進展。在長期規范的抗病毒治療原則下，一開始選擇抗病毒藥物時應從療效、藥物副作用、費用三個方面綜合考慮，選擇適合自己的藥物。
療效：應該盡量選擇在延緩疾病進展方面經過長期臨床研究驗證的藥物。安全：長期治療需要考慮藥物的安全性。費用：要根據自身經濟情況，選擇那些能長期負擔的藥物。目前在中國上市的四大類核苷酸類似物中，拉米夫定上市時間最長，有充分的臨床證據證實其能有效延緩肝硬化進展，減少肝癌；且安全性較好。替比夫定治療期間需要定期監測CK水平，恩替卡韋治療時需要留意乳酸酸中毒等問題。此外，雖然抗病毒藥物已經進入醫保，但藥物的報銷比例仍然與藥物價格相關。大部分乙肝患者用藥較多，經濟負擔重，選抗病毒藥物時最好選用花費少的，可以長期堅持服用的藥物。
最後，一旦開始抗病毒治療後，還應注意定期檢測。
臨床試驗數據表明，HBVDNA水平是預測療效的重要指標。因此，乙肝患者在抗病毒治療過程中要堅持定期監測，半年（24周）是關鍵時間節點。以拉米夫定為例，如果治療半年時，HBVDNA轉陰，說明療效很好，可以繼續單藥治療。一旦發現HBVDNA大於10的3次方，應該加用無交叉耐藥的藥物，（如拉米夫定加用阿德福韋酯）聯合治療，千萬不可隨意換藥。2010年中國指南指出：發現療效不佳，應該加藥而不是換藥。
治療過程中檢測藥物副作用也非常重要，如CK檢測：CK是肌酸激酶的英文縮寫，為避免一些抗病毒藥物引起的人體CK升高，大家一定要定期進行CK檢測；另外腎功能也是藥物安全性監測的指標。乙肝患者的檢測還包括：乙肝五項、肝功能、B超和肝穿（肝穿刺活組織）等，對判定治療狀況也很有幫助。
