很多患者都疑問一旦開始乙肝治療需要多長時間，達到什麼目標?
大部分的人要徹底治愈，表面抗原轉陰很難達到，只有很少的一部分病人能夠達到，對於大部分乙肝患者E抗原轉陰，E抗體出現，乙肝大三陽變成乙肝小三陽，轉氨酶也正常，這樣愈後相對比較好，但是這個改善是相對於高病毒載量E抗原陽性的乙肝患者而言，與從未感染過乙肝的人相比是有區別的，。很多人要求徹底治愈，像廣告宣傳的大小三陽一律轉陰，那只是廣告，目前全世界都不能達到。
抑制乙肝病毒究竟要多長時間?
干擾素一般要打半年或者一年標准療程，經過注射，E抗原陽性的可以轉為E抗原陰性，病情得到穩定，這樣就可以停藥，療程比較固定。
口服藥物非常方便，一天吃一片，抗病毒也非常好，吃上以後病毒壓下來，但是有一個問題——E抗原血清轉換率相對比較低，只要E抗原不發生血清轉換，停藥以後就很容易復發，所以過去規定，如果乙肝治療達到大三陽轉成小三陽之後繼續鞏固治療半年，但是現在我國規定鞏固治療一年，療程延長了。
對於E抗原陰性，本來就是小三陽的病人，治療後病毒轉陰，因為患者本身沒有E抗原，只能看DNA和轉氨酶，這樣的病人達到病毒轉陰和轉氨酶正常後，觀察一年半以上可以停藥，我國規定至少一年半，停藥後相當多的人復發，特別是在亞洲中國這樣的國家。
規定是最短的療程並非最有效的療程
形象來說，可以對干擾素治療先治療半年或者一年，有一部分病人達到目標可以停藥，如果達不到目標可以再口服藥物，那就需要長期治療。乙肝現在還沒提終生治療，但是這個乙肝治療是相當漫長的。
乙肝治療的另外一個問題就是耐藥性，口服藥會發生耐藥性，干擾素的優點是療程相對固定，一旦停藥後療效比較持久，耐藥變異小，但是需要注射給藥，會出現發熱、乏力、掉頭發等等，有肝硬化腹水的病人不能用。口服核苷類藥物，肝功能很差的人也可以應用，缺點是療程不固定，停藥之後容易復發，E抗原轉換率比較低，還有耐藥問題。
對於乙型肝炎來說，抗病毒治療中干擾素適合比較年輕的，轉氨酶比較高;口服的核苷類似物適用面比較廣。經過長期有效的抑制病毒使肝硬化、肝癌的發生率降低，盡管很難治愈乙肝，但是可以使病人得到長期的病情穩定，使生活質量得到改善，這是目前國內外非常簡要的現狀。
