一般來說，肝炎的預後大多數是良好的，患了急性肝炎可以順利恢復，不會演變成肝硬化和肝癌，不過確實有乙肝疫苗病人長期不愈，漸漸發展成為肝硬化，最終發展為肝癌。國外有報道，慢性乙肝表面抗原攜帶者發生肝癌的危險性比非攜帶者高200倍以上。95%以上的原發性肝癌病人是由慢性乙肝表面抗原攜帶者演變而來的。
為什麼少數患乙型肝炎的病人，能夠出現原發性肝癌的不良轉變呢?其機理目前尚未完全弄清楚，因而也沒有很有效的辦法加以防止。有的學者認為，既然乙肝病毒 是罪魁禍首，那麼防止乙型肝炎將有利於減少肝癌的發生。持不同意見的科學家則認為，肝癌發生的因素非常復雜，乙肝病毒只是始動原因。因為許多人感染了乙肝 病毒，只有一部分發展成肝硬化，原發性肝癌的人僅僅是少數。
預防治療乙型肝炎固然非常重要，但是采取單一措施未必能解決問題，應該通過綜合的措施預防乙型肝炎慢性化，防止癌變的發生。例如患了乙肝應盡可能早治療;盡可能避免使用損害肝髒的藥物;避免有害的物理因子刺激，減少X線和放射性物質對肝髒的照射;應盡可能減少和及早治療各種感染，避免各種創傷和手術。麻醉、手術創傷都對肝髒功能恢復不利，必要時應盡量選擇在肝功能恢復後再做手術。應避免飲酒，特別是嗜酒。發展成原發性肝癌的因素更加復雜，除了病毒的原因之外，食物中的黃曲霉素、飲水中的亞硝胺含量過多，密切接觸某些金屬，如鉑、銅、鋅等，都與肝癌的發生有關系。
另外，肝癌的發生亦與機體的免疫有關。正常情況下人體內的細胞經常發生癌變，可能形成癌細胞，但人體的免疫系統有清除這些細胞的能力，人體不發 生癌症。當人體免疫力減弱時，就容易發生癌變。增強體質，增強人體的免疫力，也是防止肝癌發生的重要方面。
乙型肝炎病人要有良好的生活習慣，起居有規律， 進行適當的身心鍛煉，保持樂觀的情緒，不吃霉變食物，飲食應清淡，並應富有維生素及蛋白質等，這樣可以增強體質，提高機體免疫力，防止肝硬化及肝癌的發生。
