過去接近一個世紀，醫學界對肝癌的治療都是建立在病理學的基礎上的。病理學主要研究癌細胞，治療的目標是消滅腫瘤、癌細胞，主要有手術、放療、化療、局部治療、介入治療等治療手段，並且以控制腫瘤的總有效率來作為評價治療方法的指標。
到了上個世紀90年代，生物學也開始影響肝癌治療，目前的治療兼具病理學和生物學的特點。站在生物學的角度看，癌症治療研究的對象不僅僅是癌細胞，而是機體遺傳條件、體內微環境和癌細胞三者組成的整體，所以從生物學角度評價一個治療方法，是要看患者的總生存期，其中包括患者帶瘤生存的時間。分子靶向治療、免疫基因療法等是生物學方面的主要應用手段。
專家表示，早診早治無疑使手術切除肝癌的效果大大提高。臨床上把單個癌結節最大直徑不超過3厘米或兩個癌結節直徑之和不超過3厘米的肝癌稱為小肝癌，這類患者目前手術切除後五年生存率已經達到57.3%，但如果等發展到大肝癌才發現病情並且進行手術切除，五年生存率只有30.9%。
專家指出，手術切除肝癌的五年生存率都已經接近了高限，提高的空間似乎並不大。以復旦大學肝癌研究所做過的小肝癌切除手術為例，1958年至1974年間的5年生存率只有1/3，而在1974年至1989年達到了55.2%。然而從1989年到2005年，這一數字僅僅上升了幾個百分點，說明手術切除小肝癌的治療效果已經接近了其高限，其他的治療方法如射頻、肝移植等也同樣遇到了這個問題。專家還表示，即使是小肝癌也有很高的侵襲、轉移或者復發的潛能，所以早診早治不能徹底解決問題。
因此，專家認為，從生物學的角度上看，肝癌治療應該有更高的要求，即既要針對腫瘤，也要針對殘留的腫瘤細胞，“肝癌既是局部病變，更是全身病變，兼顧病人神經、內分泌、代謝、免疫系統的全身綜合治療將是長遠的治療方向。”
癌症的轉移讓不少腫瘤患者和家屬談之色變，但專家表示，醫學界利用一個用了12年時間建立的肝癌轉移模型系統發現，實驗室小鼠體內的微環境可以明顯改變癌的生物學特性，“這說明癌症侵襲轉移可能使病情變壞，也可能使病情變好，今後的綜合治療有望能讓轉移的癌細胞‘改邪歸正’。”他同時表示，綜合治療的不同模式目前都還處於開始階段，通過循證醫學證明的還比較少，但從生物學角度研究綜合治療將會是未來研究的趨勢。
