代償期肝硬化、肝功能代償良好的患者可謹慎應用干擾素。宜從小劑量開始，根據患者的耐受性逐步加量，而對於進展期肝硬化則有導致肝髒失代償的風險，最好應用核苷(酸)類似物治療。拉米夫定治療可延緩疾病進展，減少肝髒失代償及肝細胞癌的發生，臨床療效主要見於未發生耐藥的患者。對拉米夫定發生耐藥的患者應及時加用阿德福韋聯合治療，優於換用阿德福韋單藥治療。考慮到需要長期治療，也可首選阿德福韋或恩替卡韋等耐藥風險較低的藥物,或應用拉米夫定或替比夫定聯合阿德福韋酯治療。
失代償乙型肝炎肝硬化患者的預後極差。干擾素要禁用。要選擇核苷(酸)類似物抗病毒治療，藥物選擇原則同代償期肝硬化相同，但對於失代償患者由於阿德福韋酯抗病毒作用弱且緩慢，並且其潛在的腎毒性，故阿德福韋酯不作為首選。值得強調的是核苷(酸)類似物可快速抑制HBV復制，但臨床起效仍需要3～6個月，所以，對失代償乙型肝炎肝硬化患者應立即開始治療，不需強調HBV DNA高水平及ALT升高等而延誤治療時機。部分獲得療效的患者可以延緩或避免肝移植治療。而對於那些終末期肝硬化、嚴重肝功能衰竭患者，仍不能替代肝移植。
值得注意的是，乙肝肝硬化患者抗病毒治療和慢性乙型肝炎抗病毒治療的地位一樣，是非常重要的，一旦發現病毒復制活躍，不論肝功如何，HBVDNA水平多高都應該及時抗病毒治療，其中核苷類似物最長應用，一旦應用不可自行停藥，如自行停藥一旦病毒復發，肝功反復往往是非常危險的。因此抗病毒治療一定和專科醫生密切合作，定期復查做好抗病毒治療的管理工作。
