原則上，當各種急性或慢性肝病用其他內外科方法無法治愈，預計在短期內（6-12個月）無法避免死亡者均是肝移植適應症。迄今為止，據不完全統計肝移植已被成功用於60多種肝髒疾病的治療，依據疾病的性質，可概括分為：良性終末期肝病、肝髒惡性疾病、先天性代謝性疾病和急性或亞急性肝功能衰竭。
1、良性終末期肝病：
肝炎後肝硬化、酒精性肝硬化、原發性膽汁淤積性肝硬化、繼發性膽汁淤積性肝硬化、自身免疫慢性活動性肝炎和藥物性肝炎。硬化性膽管炎、急性或亞急性肝功能衰竭、Budd-Chiari綜合征、多囊肝、初次肝移植失活、嚴重的遍及兩肝的肝內膽管結石等。終末期良性肝病已成為現今肝移植的主要適應症，並且取得了滿意的長期療效。術後1年存活率可達85%—100%，多達75%—80%的慢性肝病患者接受肝移植後能存活3年或更長時間。目前在美國及其他多數西方國家，酒精性肝硬化和壞死後肝硬化是成人肝移植最常見的適應症。
2、肝髒惡性疾病：
肝細胞性肝癌、膽管細胞癌、肝血管內皮癌、平滑肌肉瘤、巨大肝血管瘤、多發肝腺瘤等。在肝移植的最初階段，肝髒惡性腫瘤如肝細胞性肝癌和膽管細胞癌等，是肝移植的主要適應症之一，約占所有肝移植病例的1/3-2/3。但術後極高的復發率導致很低的長期存活率，因此，肝髒惡性疾病患者越來越少地被考慮接受肝移植，在西方主要的肝移植中心，移植病人中肝髒惡性腫瘤患者已降至4%—36%，主要限於技術上難於切除的小肝癌和惡性程度低的腫瘤如纖維板層性肝癌等患者。
3、先天性、代謝性肝病：
一些先天性酶缺陷所致的代謝性疾病患者，如遺傳性草酸鹽沉積症、Crigler-Najjar綜合征、低密度脂蛋白受體缺陷病和各種尿素循環酶缺陷症等，盡管出生時具有正常的肝功能，但病情的發展最終將導致肝功能衰竭，也是肝移植的適應證。先天性膽道閉塞、肝豆狀核變性（Wilson病）、肝內膽管囊狀擴張症（Caroli病）、糖原累計綜合征、α1-抗胰蛋白酶缺乏症、酪氨酸血症等。
4、急性或亞急性肝功能衰竭：
以往死亡率很高的各種肝炎病毒、藥物或毒物所致的爆發性肝功能衰竭患者也越來越多成功地接受了肝移植術，並獲得了良好的療效。
肝移植的禁忌症：
一般認為，肝移植的絕對禁忌症是指患者在一定的臨床狀況下，肝移植的療效或預後極差，而不應該成為治療方式予以選擇。肝移植的相對禁忌症是指患者在一定的臨床情況下，肝移植可能會產生高的並發症和死亡率，但某些情況下可取得滿意的長期存活率。
1、肝移植的絕對禁忌症
肝外存在難以根治的惡性腫瘤。
存在難於控制的感染（包括細菌、真菌、病毒感染）。
難以戒除的酗酒或吸毒者。
患有嚴重心、肺、腦、腎等重要髒器器質性病變患者。
艾滋病病毒感染（HIV）者。
有難以控制的心理變態或精神病。
2、肝移植的相對禁忌症
受體年齡≥65歲。
UNOS狀態4級。
e-抗原陽性或DNA陽性或有活動性病毒復制的慢性乙型肝炎患者。
門靜脈栓塞者。
肝細胞性肝癌和膽管細胞癌。
曾行復雜的肝膽道手術或上腹部復雜手術者。
既往有精神病史。
肝移植的適宜時機
對一個已決定進行肝移植的患者來說，如何確定適宜的移植時機是十分重要的。也就是說，在慢性疾病發展到什麼階段時，肝移植術將給患者帶來最理想的治療效果和預後。若過早地實行肝移植，將使短缺的供體不能得到公正合理的應用；若太晚實行，又將可能出現難於接受的圍手術期並發症和高死亡率，降低肝移植的療效。
最難確定移植時機的是慢性肝病患者。一般認為當慢性肝病患者出現以下情況時，應考慮行肝移植：
（1）出現一個或多個與門靜脈高壓或肝功能衰竭相關的並發症。如反復食管-胃底曲張靜脈破裂出血、難於控制的腹水、肝性腦病、嚴重凝血功能障礙、反復發作的自發性腹膜炎和肝腎綜合征等；
（2）嚴重嗜睡、難於控制的瘙癢、嚴重代謝性骨病（易發生骨折）、反復發作細菌性膽管炎等導致生活質量嚴重下降；
（3）實驗室檢查：血漿白蛋白≤25g/l;凝血酶原是件（PT）超過正常對照5秒以上；血總膽紅素≥50-100mg/l。
