如果人體從未感染過乙肝病毒，注射乙肝疫苗後，可以產生有效的保護性抗體。但是，對於乙肝病毒感染者和乙肝患者來講，體內早有乙肝病毒存在，乙肝病毒不斷地復制，而且病毒在復制時，合成表面抗原的能力特別強，因此血液中循環的表面抗原遠超過注射的乙肝疫苗中所含的表面抗原量。體內如此大量的表面抗原尚不能誘導體內產生相應的抗體，那麼另外再給一點含免疫佐劑的表面抗原（即乙肝疫苗），又能起多大作用呢？
乙肝疫苗的預防作用只對從未感染過乙肝病毒的人群有效。因此，對已經感染了乙肝病毒的人，再給予乙肝疫苗注射，顯然是不能起到預防乙肝的作用的。但在臨床上，乙肝疫苗對慢性乙肝是有一定治療作用的。將乙肝疫苗同其他抗病毒藥合用，可以促進乙肝病毒指標的陰轉。幾年前，全國普遍應用的乙肝疫苗加豬苓多糖治療慢性乙型肝炎，就是將乙肝疫苗用於治療的典型例子。現在，針對眾多的乙肝病毒攜帶者，不少專家提出了乙肝疫苗聯合潘生丁、左旋咪唑的治療方案，應用於臨床後，獲得了一定效果。
一般情況下，打了乙肝疫苗後不會影響日常工作和生活，至今尚未見有關於注射後引起嚴重副作用的現象，只有少數人出現接種部位紅腫、硬結、疼痛，手臂酸重或發熱、惡心、嘔吐、乏力、皮疹等與一般疫苗接種大致相仿的輕微反應，多在1－3天內不治自愈。
