藥物對肝髒的損害方式不同，有的藥物對肝細胞有直接毒性作用，破壞肝細胞的整個結構;有的藥物作為抗原，在體內和肝髒內通過抗原、抗體反應而破壞肝細胞。
一、不該用藥時，卻用了藥
乙肝患者中的80%左右，都是乙肝病毒攜帶者，尤其是兒童和少年，處於免疫耐受階段，此時對各種治療無應答，各種治療用藥都起不到理想的效果，此時大量用藥治療，不僅浪費錢財，還會打破機體免疫沉默狀態，使得肝功能出現異常，有時這種異常反反復復，纏綿難愈。
二、該用藥時，用錯了藥
不少乙肝患者肝功能異常，氨基轉移酶升高，本應是抗病毒治療的時機，應該使用合適的抗病毒藥物，但是卻使用抗肝纖維化藥物，使得肝功能異常加重。肝硬化腹水，應該加強利尿，補充白蛋白，但是卻用上干擾素等抗病毒藥物，致使肝功能進一步惡化。
三、用藥時斷時續
有些病人用藥不連貫，想起來就吃藥，想不起來就斷藥;工作一忙，就忘了吃藥;一出差，又忘了吃藥，這些問題時有發生，這種時斷時續用藥，不能保證藥物在血液中恆定和有效的濃度，達不到控制疾病發展的目的。
四、藥物劑量過大
中藥治療乙肝非常普遍，一些中藥處方中的個別藥劑量過大，超過國家藥典規定的幾倍，例如川楝子用量達到20克，山豆根達到30克。這些中藥超量使用，對肝髒損害明顯。對兒童患者，劑量一定要把握准確，使用任何藥物治療，都需要根據千克體重數，換算成正確的治療劑量。
五、擅自不當停藥
治療乙肝的方案一經確立，應該認真堅持，不能突然停藥，療程完成後，應在醫師指導下逐步停藥，不能在療程過程中擅自停藥，否則病情會有復發和“反彈”。例如，不少患者在使用拉米夫定過程中，不到療程時間，或是不到停藥標准，就擅自停藥，致使病情反復，有的病情突然加劇。
六、藥物劑量過小
干擾素治療乙肝的合適劑量是300萬～600萬單位/隔日，出於對干擾素不良反應的擔憂，不少患者使用的劑量偏小，而300萬單位/隔日以下的劑量，往往起不到治療效果，反而會贻誤病情，甚至產生耐藥性。
七、用藥過多、過雜
用藥需要少而精，並非藥吃得越多，病情就恢復得越快。不少乙肝患者用藥過多、過雜，例如，同時口服和注射多種降酶藥，一旦停藥，病情容易出現“反彈”;有的患者在住院期間使用的藥物多達20余種，加上口服的復方中藥，出現藥物不良反應和藥物拮抗作用的機會大大增加。
八、用藥當減不減，當停不停
一旦用藥達到預期療效後，應該逐漸減量，直到徹底終止，避免產生藥物的依賴性和蓄積中毒現象。例如，降酶藥物聯苯雙酯等，本身並無抗病毒和保護肝細胞膜的作用，只起單純降低氨基轉移酶的作用，只有輔助性治療作用，待肝功能恢復正常後，應該逐漸減量，及時停藥。長期使用，容易產生耐藥性和掩蓋病情。
九、用藥療程不足
乙肝的抗病毒治療需要時間較長，一個療程至少需要半年至一年時間，其中干擾素療程至少為半年，拉米夫定為一年以上，如果療程太短，根本起不到抑制病毒的作用。抗肝纖維化的療程同樣需要漫長的時間，例如使用復方丹參制劑、復方蟲草制劑等，都需要一年以上的時間，短期使用，起不到軟化肝髒、降解肝髒纖維組織的目的。
十、小兒用了成人藥
拉米夫定是不能用於兒童的抗病毒藥物，對12歲以下的小孩一定要禁用，各種嘗試性的治療都可能招致嚴重的後果。其他核苷類抗病毒藥物，以及膦甲酸、阿糖腺苷等藥物也不適合兒童使用。
十一、隨意更換治療方案
乙肝治療方案一經確立，應該堅持下去，定期隨訪，監測病情發展，不能半途擅自停藥或加藥、換藥，隨意換藥容易使治療復雜化，出了問題難以找到原因和處理辦法。
