乙肝治療效果不佳的主要原因是誤治、亂治、失治，具體說來有以下7點：
1.治療缺乏針對性
許多患者不屬於抗病毒治療的范圍，如慢性病毒攜帶者、中晚期的肝硬化患者等，但他們卻硬性使用干擾素等抗病毒藥物治療。結果非但難以取得療效，反而容易造成不良反應。
２.不該治療的也拼命治療
我國乙肝感染者雖多，但絕大多數為慢性乙肝病毒攜帶者，他們大都沒有特殊不適，肝功正常，乙肝病毒復制指標陰性，這些人群不宜用藥治療，無論怎樣用藥，也難改表面抗原陽性這一結果。這些人群仍可視為正常人，可以從事正常的工作和學習。遺憾的是很多這樣的人都在嘗試著各種治療，力圖使表面抗原轉陰，以徹底改變表面抗原陽性帶來的不利影響。
3.濫用或亂用藥物
有的患者四處求醫，今天用西藥，明天用中藥；名目繁多的虛假肝病廣告更讓廣大患者無所適從。大部分乙肝廣告用藥都存在著虛假和欺騙，療效包羅萬象，神乎其神，誘使患者上鉤，騙錢斂財。濫用或亂用這些廣告藥物，只能使乙肝患者雪上加霜，後果更慘。
４.用藥方案不正確
一些患者雖然屬於抗病毒治療的范圍，但是所選用的抗病毒治療藥物及其劑量、療程卻不正確，臨床上也難以奏效。例如，我國乙肝患者對於a-干擾素的合適劑量應為500萬至1000萬單位，療程為半年至一年，但是卻很少有患者照此進行。拉米夫定(賀普丁)雖然具有迅速抑制病毒的優點，但是需要長期不間斷用藥，有的患者使用過程中，未經醫生許可，擅自停藥，造成“拉米夫定(賀普丁)停藥後肝炎”，出現肝功再次異常、病毒指標轉陽的結果。
５.失去最佳治療時機
治療乙肝的最佳時機是轉氨酶輕度升高、乙肝病毒復制指標呈陽性的患者，病程越短，治療效果越好。有的患者得了乙肝，不及時治療，依然喝酒，不注意休息，病情進入肝硬化階段才著急治療，治療效果自然較差。
６.治療目標定位偏差
目前乙肝治療的最佳目標和結果是：肝功能長期穩定、正常，病毒復制指標保持陰性。治療目標不宜定得過高，不可一味追求表面抗原陰轉，或是所謂的“三陽”全部陰轉，目前這些是絕對不可能的。可是不少乙肝患者甚至乙肝病毒攜帶者，都在為此虛無缥缈的目標花錢治療，這就難怪治來治去也達不到目標了。
7.心理狀態和心理調控失衡
得了乙肝，每天焦慮不安、驚慌失措，生活和工作質量下降，天長日久，自身免疫功能紊亂，反而加劇了病情。
