HBV感染後病毒分泌的蛋白釋放入血導致相應的抗體產生。病毒的抗原抗體共有三個系統，但因核心抗原在血清中一般不易檢出，僅其余兩對半在血液中可檢測出，故俗稱“兩對半”。
表面抗原(HBsAg)和表面抗體(HBsAb)
HBsAg是乙肝病毒的外膜蛋白，病毒感染後即釋放到血液中，HBsAg陽性代表機體受到了乙肝病毒感染，但當病毒在肝細胞中復制時，HBV DNA可部分或全部整合到肝細胞DNA中，並可繼續產生HBsAg，故HBsAg很難清除，即使在肝炎臨床治愈後仍可能持續存在，但傳染性很低。HBsAb是HBsAg刺激機體產生的特異性抗體，是機體對乙肝病毒產生免疫力的保護性抗體，在肝炎或注射疫苗後產生，是機體對乙肝病毒產生抵抗力的標志。
e抗原(HBeAg)和e抗體(HBeAb)
e抗原是病毒的分泌型核殼蛋白。HBeAg和HBeAb是觀察病情和療效的最重要的指標：HBeAg陽性時，病毒復制活躍，傳染性強大，通常病情屬於活動期；當免疫系統被激發，病毒復制減弱並逐漸被清除，HBeAg轉陰，並產生HBeAb(即HBeAg-／HBeAb+稱為血清轉換)，此時大多病毒復制停止，病變活動靜息，因此出現，血清轉換是判斷病情趨向和藥物療效的一個重要指標。
核心抗體(HBcAb)
核心抗原是病毒的結構型核殼蛋白，在血液中一般檢測不出，具抗原性很強，可誘發機體產生核心抗體HBcAb。該抗體含量高代表病毒感染並常伴有肝髒炎症，而HBcAb的降低代表病情趨向好轉，低含量HBcAb表示過去感染。
