乙肝的治療尚是世界性的難題，由於目前無肯定特效藥物，乙型肝炎又是一種相對自限性疾病，所以在治療上一定避免以下誤區。
不該用藥時，卻用了藥
乙肝患者中的80%左右，都是乙肝病毒攜帶者，尤其是兒童和少年，處於免疫耐受階段，此時對於各種治療無應答，各種治療用藥都起不到理想的效果，此時大量用藥治療，不僅浪費錢財，還會打破機體免疫沉默狀態，使得肝功出現異常，有時這種異常反反復復，纏綿難愈。
該用藥時，用錯了藥
不少乙肝患者肝功異常，轉氨酶升高，本應是抗病毒治療的時機，應該使用合適的抗病毒藥物，但是卻使用起抗肝纖維化藥物，使得肝功異常加重。肝硬化腹水，應該加強利尿，補充白蛋白，但是卻用上干擾素等抗病毒藥物，致使肝功進一步惡化。
藥物劑量過大
中藥治療乙肝非常普遍，一些中藥處方，個別藥味劑量過大，超過國家藥典規定的幾倍，例如川楝子用量達到20克，山豆根達到30克。這些中藥超量使用，對於肝髒損害明顯，因為使用中藥劑量過大，造成藥物性肝損害的患者並不少見。對於兒童患者，劑量一定要把握准確，使用任何藥物治療，都需要根據公斤體重數，換算正確的治療劑量。
藥物劑量過小
干擾素治療乙肝的合適劑量是300萬～600萬單位/隔日，出於對干擾素不良反應的擔憂，不少患者使用的劑量偏小，而300萬單位/隔日以下的劑量，往往起不到治療效果，反而會贻誤病情，甚至產生耐藥性。
用藥時斷時續，不連貫
想起來就吃藥，想不起來就斷藥;工作一忙，就忘吃藥了;一出差，又忘吃藥了，這些問題時有發生，這種時斷時續的吃藥，不能保證藥物在血液中恆定和有效的濃度，達不到控制疾病發展的目的。
用藥療程不足
乙肝的抗病毒治療需要時間較長，一個療程至少需要半年至一年時間，其中干擾素療程至少為半年，拉米夫定一年以上時間，如果療程太短，根本起不到抑制病毒的作用。抗肝纖維化的療程同樣需要漫長時間，例如使用復方丹參制劑、復方蟲草制劑等等，都需要一年以上時間，短期使用，起不起軟化肝髒，降解肝髒纖維組織的目的。
突然停藥
治療乙肝的方案一經確立，應該認真堅持，不能突然停藥，療程完成後，應在醫師指導下逐步停藥，不能在療程過程中擅自停藥，否則病情會有復發和 “反彈”，這方面的典型事例就是拉米夫定，不少患者在使用拉米夫定過程中，不到療程時間，或是不到停藥標准，就擅自停藥，致使病情反復，有的病情突然加劇。
用藥當停不停
一旦藥物達到預期療效後，應該逐漸減量，直到徹底終止，避免產生藥物的依賴性和蓄積中毒現象。例如降酶藥物聯苯雙酯等，本身並無抗病毒和保護肝細胞膜的作用，只起單純降低轉氨酶的作用，只有輔助性治療作用，待肝功復常後，應該逐漸減量，及時停藥，長期使用，容易產生耐藥和掩蓋病情。
隨意換藥
乙肝的治療方案一經確立，應該堅持下去，定期隨訪，監測病情發展，不能半途擅自停藥或加藥、換藥，隨意換藥容易使治療復雜化，出了問題難以找到原因和處理辦法。
用藥過多、過雜
治療用藥需要少而精，並非藥吃得越多，病情就恢復得越早，不少乙肝患者用藥過多、過雜，例如同時口服和注射多種降酶藥，一旦停藥，病情容易出現 “反彈”;有的患者在住院期間使用的藥物多達20余種，加上口服的中藥復方，藥味更多，出現藥物不良反應和藥物拮抗作用的機會大大增加。
小兒用成人藥
拉米夫定是不能用於兒童的抗病毒藥物，對12歲以下的小孩一定要禁用，各種嘗試性的治療都可能招致嚴重的後果。其他核苷類抗病毒藥物，以及膦甲酸、阿糖腺苷等藥物也不適合兒童使用。
亂用偏方
亂用偏方的現象十分普遍，不少患者輕信“偏方治大病”的說法，找一些所謂的中醫“大師”，開出的處方，沒有經過審核，其中往往含有不少肝毒性藥物，用上一段時間後，藥物性肝損害隨即發生，使病情加重。為了慎重起見，偏方不應隨便使用。
專家提醒：乙肝病理過程十分復雜，表現各異，治療應個體化，企求用一種“靈丹妙藥”“包治百病”是有百害而無一利的。
