抗病毒是治療慢性乙肝的關鍵手段，但其安全性卻讓一部分患者放心不下。中國肝炎防治基金會主持的一項調查顯示，在乙肝患者中間，13.14%的人最關注藥物的副作用。其實，患者不必過於擔心，雖然任何藥物都可能導致不良反應，抗病毒藥也不例外，但患者服藥期間只要加強監測、加強隨訪就好，這才是用藥安全的最好保證。
在抗病毒治療中，耐藥仍然是許多患者的“心病”。不過，近年來新藥不斷問世，即使病毒對某一藥物耐受，醫生手裡還有其他新式“武器”可供選擇。其次，通過加強隨訪、定期監測，可以明顯提高藥物的長期安全性甚至療效。這主要體現在三個方面
第一，及早發現安全隱患。
定期監測可以幫助醫生及早判斷耐藥問題和其他不良反應，做到早發現、早處理。具體說來，處在病情波動期的患者每月應復查一次，復查內容包括乙肝病毒dna、肝功能等。進入穩定期後，患者也要每三個月監測一次。此外，醫生在治療期間還會根據用藥情況及病人的具體病情增加相應的檢查。
第二，預測耐藥。
乙肝病毒dna的變化可以提示今後耐藥發生的風險。醫生借助檢測結果可以預測耐藥的風險，對於風險較大的患者，還可以加以干預。
第三，預測療效。
我國目前的慢性乙肝患者中大部分屬於e抗原為陽性，對他們而言，最合理的治療目標就是“雙達標”，即病毒dna和e抗原都轉為陰性。一旦實現了雙達標，再鞏固治療一年，就有望最終實現科學停藥。此後肝硬化、肝癌的風險會很低，病情反復的概率也會小得多。
由於現有的藥物都不能徹底清除病毒，只是抑制其復制，因此從理論上講，病毒確有可能變異並形成耐藥，而且隨著用藥時間的延長，耐藥風險還會逐漸增加。所以，解決耐藥問題及潛在安全隱患的最好辦法，或許就在於實現科學停藥。對於e抗原陽性患者，就是要先實現“雙達標”。為此，理想的抗病毒藥必須能夠“兩線作戰”，即一方面抑制病毒復制，一方面促進e抗原消失。
