目前治療乙肝的一個錯誤傾向是一味追求乙肝病毒指標的轉陰，費了千辛萬苦換回的病毒指標轉陰，未必是好事。相反，臨床上常可見到一些患者，經過長期治療，乙肝“大三陽”終於轉為“小三陽”，然而這種轉變往往導致病情惡化。
過去一直認為，乙肝“大三陽”轉為“小三陽”是病情趨向緩解乃至自然痊愈的標志。現在發現，這種轉變約半數的患者肝損害仍存在並持續發展，這是由於乙肝病毒前－c／c區發生變異所致，最常見的突變形式為1898位或伴有1901位突變，變異後可能使得乙肝病毒變異株逃脫宿主免疫監視，而得以繼續生存繁衍並可釀成嚴重後果。目前的乙肝病毒指標都是通過抽血化驗所得，只能反映血液中病毒被清除或抑制的程度，並不能完全代表或反映出肝髒內部的實際情況。通過血液檢查，反映的情況可能是假象，抽血化驗只是從一個側面了解肝髒情況，結果的真實性和可靠性遠遠不及肝組織學檢查獲得的第一手資料。尤其是部分患者，經過治療，不但“大三陽”轉為“小三陽”，接著乙肝病毒表面抗原也轉陰，這應該是醫生和患者夢寐以求的理想結果。但是，患者的病情非但沒有好轉，反而出現了惡化，不少肝硬化晚期患者，甚至於部分肝癌患者，化驗檢查發現乙肝病毒表面抗原、e抗原都是陰性，只有核心抗體為陽性，這些患者去世後進行的屍檢，肝組織中依然發現了復制狀態的乙肝病毒dna。可見通過抽血檢查乙肝病毒指標並不完全可靠。
