治療慢性乙型肝炎有兩大類藥物：一類是干擾素，既具有免疫調節作用又有抗病毒作用；另一類是核苷(酸)類似物，有很強的抗病毒作用，但免疫調節作用不明顯。這兩類藥各有優缺點，人們在治療前往往為藥物的選擇而糾結，不知道應該首選哪類藥物為好。我們先來比較一下這兩類藥物特點吧！
在抗病毒治療中，病毒的抑制和清除是與機體免疫系統作用直接相關的，只有機體免疫作用很強且抗病毒作用也很強時，病毒的持久抑制或清除才有可能實現。干擾素有免疫調節作用，可以調動機體自身的免疫機制，更好抑制病毒的復制。從這個角度來看，干擾素有它很大的優勢。干擾素使用可以使一部分病人通過一年或者更長時間的治療，停藥之後保持病毒持久抑制。目前的研究顯示，干擾素治療後病人的e抗原血清轉換比核苷(酸)類似物要高一些，停藥之後持久應答更好一些，這是它的優勢。但是干擾素也有它的劣勢，如：副作用較多、需要注射給藥、抗病毒作用較弱等。
核苷(酸)類似物的最大優勢是抑制病毒作用很強，服用方便，副作用很小，非常安全。相對來說，這類藥物的應用人群更廣泛，不單純只有慢性肝炎，肝硬化病人，包括慢性重型肝炎病人，還有應用免疫抑制劑的病人，肝移植病人等都可以使用核苷(酸)類似物治療，所以應用范圍很廣。這是它的優勢。但是，這類藥物沒有固定的療程，大多數患者需要服用3年以上甚至終生服藥，而長期應用核苷(酸)類似物不可避免地面臨著病毒變異所致的耐藥問題。因此，許多醫生主張，如果患者的年齡較輕，HBVDNA<108拷貝/毫升，尤其是女性和非母嬰傳播的患者最好先選擇有比較固定療程的干擾素治療。如果干擾素治療6個月以上無療效時，再選擇核苷(酸)類似物治療。但是，年齡較大或病情較嚴重(如肝硬化)的患者使用干擾素可能存在一定的風險，應首先選擇核苷(酸)類似物治療。
