乙肝兩對半即HBsAg、抗HBs、HBeAg、抗Hbe和抗HBc等，做為乙肝病毒感染血清學標志物，其臨床意義主要用於判斷患者是否感染過乙肝病毒。但總有人認為現在有些臨床實驗室開展的乙肝兩對半的定量測定，可以用以判斷乙肝患者臨床治療的效果，這是一個誤區，是對這之間的關系不了解所致。
目前針對感染性疾病抗病原體的藥物治療主要有兩類，一是殺滅，如梅毒和結核病的抗菌素應用治療；二是抑制，如乙肝和丙肝的抗病毒治療。當治療有效時，前者表現為病原體的消失，後者表現為病原體數量的動態性降低。因此，與治療效果密切相關的是病原體的存在與否或存在數量的多少。而抗體，因其是機體對病原體特定抗原成分的特異免疫應答的產物，即使是病原體因抗菌或抑病毒藥物的應用已消失或大大減少，也可能在體內存在相當長一段時間或持續存在，其與病原體的存在與否或存在數量無正相關關系。
也許有同道要問，那麼病原體抗原呢？那不是病原體上的一部分嗎？應該說其含量高低與病原體之間有正相關了吧。這要具體情況具體分析。如上面提到的HBsAg和HBeAg就不行，因為HBsAg在乙肝患者血循環中以三種形式存，即圓形顆粒、管形顆粒和Dan顆粒，其中只有Dan顆粒中存在乙肝病毒，但其僅占所有HBsAg的0。2％，其他絕大部分為空的圓形顆粒和管形顆粒，所以HBsAg和乙肝病毒之間自然就缺乏正相關。而HBeAg通常與乙肝病毒存在之間有很好的正相關，它也是乙肝患者傳染性強弱的一個主要血清學指標，按理應該可以作為乙肝患者抗病毒療效的觀察指標，實際上也有很多人在這樣做，但由於乙肝病毒基因組的前C區常易出現點突變，使得HBeAg表達的缺失，此時血清HBeAg測定為陰性，但病原體仍大量存在。因此，HBeAg也不能作為乙肝患者抗病毒療效觀察的指標。
在乙肝兩對半中，真正有定量測定價值的只有抗HBs，但這種測定也不是用於臨床乙肝患者療效觀察，而是用於人群乙肝疫苗注射效果的判斷，也就是說，當某人注射疫苗後，如外周血中抗HBs定量超過10mIu／ml，則說明受免疫者具有對乙肝病毒免疫力，免疫力及持續時間與抗HBs含量高低應成正比。
