乙肝的危害體現在多個方面：
危害一、乙肝病毒長期存在體內，不斷損害肝髒乙肝病毒慢性感染過程中機體需要反復清除乙肝病毒，如此可持續數年至數十年。由於免疫功能低，病毒無法清除，肝組織反復受損，反復修復，肝髒產生不同程度的纖維化。B超檢查和組織學檢查，則可清楚見到肝髒有明顯的纖維化改變。如果治療不及時，不能有效治療纖維化，則轉化為再生結節，形成假小葉，約20%左右的人出現肝硬化。
危害二、病程發展可至肝硬化、肝癌，危及生命慢性乙肝在初期盡管對肝髒有損害但可以沒有明顯症狀，因而導致很多人沒有發現自己患有慢性乙肝疾病。由於肝髒代償能力逐漸變差，一旦出現肝炎活動，就極易出現黃疸、腹水、出血、昏迷、尿少等嚴重後果。乙肝病毒攜帶者中，50%~75%的人有活動性病毒復制的慢性乙肝，估計5年中從慢性乙肝進展為肝硬化的發生率為2%~20%;從代償性肝硬化到肝髒失代償為20%~23%;從代償性肝硬化到肝癌為6%~15%。
危害三、並發他其他疾病，加重健康負擔慢性乙肝在全身各個系統均可發生並發症，常見的有：（1）肝源性糖尿病：肝源性糖尿病有兩型，第一型是胰島素依賴型，是由於慢性乙肝損害了胰島β細胞，導致胰島素分泌減少，要靠補充胰島素治療。第二型是非胰島素依賴型，是肝髒對胰島素降糖的生理作用降低，以致胰島素不能充分發揮作用。（2）脂肪肝：慢性乙肝易繼發脂肪肝，常在肝炎後發胖，血清谷丙轉氨酶（ALT）中度升高、血脂升高，肝髒B超檢查呈脂肪肝波型。主要是由於進入肝髒的脂肪酸和糖增多、肝髒合成脂肪酸增加或氧化減少所至。（3）慢性乙肝後高膽紅素血症：此指慢性乙肝後部分病人遺留輕度黃疸，黃疸持久不退，中西藥治療效果欠佳，肝功能大多正常。
危害四、加重心理負擔，影響生活質量慢性乙肝不僅嚴重影響了患者的身體健康，干擾了其正常生活，還將對其造成巨大的心理傷害。慢性乙肝會對患者的升學、就業、入伍、婚嫁造成影響，還給其家庭帶來沉重的經濟負擔。一旦身患慢性乙肝，眾人則談肝色變，唯恐避之不及，給學習、工作、生活帶來許多麻煩。
