阿米巴肝膿腫的發病與阿米巴結腸炎有密切關系，細菌性的是由於細菌侵入而引起，細菌經由各種途徑感染肝髒，引起炎細胞浸潤及肝組織壞死液化，隨即形成。細菌可以下列途徑進入肝髒：①膽道：細菌沿著膽管上行，是引起細菌性肝膿腫的主要原因；②肝動脈：體內任何部位的化膿性病變，細菌可經肝動脈進入肝髒；③門靜脈：已較少見。
最後是肝外傷：特別是肝的貫通傷或閉合傷後肝內血腫的感染而形成膿腫。感染來源途徑與病原：全身各部化膿性感染尤其腹腔內感染可通過下述途徑進入肝髒：膽道：據報道約22～52%細菌性肝膿腫來自膽道炎症包括膽石膽囊炎膽道蛔蟲其他原因所致膽管狹窄與阻塞等門靜脈：所有腹腔內胃腸道的感染均可通過門靜脈進入肝髒過去細菌性肝膿腫最常見來源為化膿性闌尾炎可占30～50%近年已被膽道感染所取代其他還有潰瘍病憩室炎潰瘍性結腸炎大腸癌伴感染痔核感染等。
其中肝動脈，全身性或其他全身各部化膿性疾病如敗血症化膿性骨髓炎、癰疖亞急性細菌性心內膜炎呼吸道感染等均可通過肝動脈進入肝髒這種途徑約占10%左右。鄰近組織器官化膿性炎症的直接蔓延，包括膽囊右腎潰瘍病穿孔胰腺膈下膿腫等。亦有來源不明者。膿液培養提示革蘭氏陰性菌多干革蘭氏陽性菌常見者為大腸桿菌鏈球菌和葡萄球菌其他如副大腸桿菌變形桿菌綠膿桿菌產氣桿菌傷寒桿菌霉菌等均曾有報道混合感染多於單一細菌感染細菌性肝膿腫可多發或單發以多發常見但右肝遠多左肝機體抵抗力減弱也是本病發病的重要內因。
在開放性肝損傷細菌可直接經傷口入肝。細菌性肝膿腫的致病菌多為大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、厭氧鏈球菌、類桿菌屬等。而另一種就是腸道阿米巴感染的並發症，絕大多數是單發的。
