乙肝疫苗自1979年問世以來，經過近20年的大規模應用和觀察，至今尚未見有關於注射後引起嚴重副作用的報道。只有少數人出現接種部位紅腫、硬結、疼痛，手臂酸重或發熱、惡心、嘔吐、乏力、皮疹等與一般疫苗接種大致相仿的輕微反應，多於1-3天內不治自愈。
由於乙肝疫苗屬血源性的，在制備過程中純化與滅活程序十分嚴密，故不會產生像破傷風等動物血清疫苗可能造成的過敏反應，也不會感染上乙肝、艾滋病及其他傳染性疾病。與其他疫苗同時接種亦末出現相互干擾作用；因此，可以說，乙肝疫苗是安全可靠的預防疫苗，注射前也不必皮試。
至於注射時應當注意的事項大致有以下幾個方面：
1.凡發熱、嚴重感染及其他嚴重的全身性疾病者，應暫緩接種。
2.新生兒第一針必須在出生後24小時內注射，若超過48小時後注射。則預防效果降低。出生後一個月仍未行注射者，則應先檢測有關乙肝指標，證實未被感染者，可與乙肝高效價免疫球蛋白(hbig)合用。
3.乙肝疫苗與其他疫苗如白百破、卡介苗、乙腦疫苗等同時接種，互相之間無干擾作用；但有人認為若與麻疹疫苗同時接種，有可能降低麻疹疫苗的免疫效果，故二者最好分開接種。
4.注射後局部應保持衛生，最好三天內不要擦洗，以免抓破引起局部感染。
5.注射第3針疫苗後的1-3個月，應到醫院檢測保護性抗體(抗-hbs)水平，以判斷免疫效果。若無效者，需行加強注射一次。
6.成人注射前需先檢測乙肝病毒(hbv)指標，已有感染，或感染後已痊愈並產生保護性抗體者，不需注射疫苗。
7.凡對福馬林或硫柳汞及其他藥物過敏者禁用
